Пеню рассчитывают от цены контракта или отдельного этапа, уменьшенной на сумму, пропорциональную объёму обязательств, фактически исполненных поставщиком (ч. 7 ст. 34 Закона № 44-ФЗ).

Пеня начисляется за каждый день просрочки, начиная со дня, следующего после дня истечения срока исполнения обязательства. Её размер — одна трёхсотая ключевой ставки Банка России, действующей на дату уплаты пени. Иной порядок применяется, если он установлен законодательством.